Metaprogrammer er de konfigurationer, der, på basis af tidligere erfaringer, påvirker hvordan man oplever og værdisætter sig selv og verden og hvordan man handler derefter.
Gennem NLP kan man opnå viden om sine metaprogrammeringer og påvirke dem, så de er mere hensigtsmæssige for éns velvære og succes. Eksempelvis kunne en person være metaprogrammeret til at tillægge udefrakommende vurderinger højere værdi end sine egne. På den måde vil de være meget afhængige af andre menneskers gunst. Hvis de omprogrammerede sig til at sætte mere pris på egne værdisætninger, kunne de tage mere kontrol over deres liv og potentielt blive gladere.